داستان گوست آو سوشیما (Ghost of Tsushima) در سال 1274 جریان دارد. ما یک سامورایی نجیب‌زاده با نام «جین ساکای» هستیم که وظیفه‌ی دفاع از جزیره‌ی سوشیما و هدایت نیروهای مدافع از این سرزمین زیبا را برعهده داریم. جین پس از مرگ پدر و مادرش، زیر نظر عموی خود یعنی شیمورا بزرگ شده است. شیمورا، جین را از زمان کودکی، زیر پر و پال خود گرفته و او را به‌عنوان یک سامورایی با شرافت، بزرگ کرده است. همه چیز اما در روز حمله‌ی نیروهای مغول، تغییر می‌کند. در این روز عجیب و تاریخی، نیروهای مغول با حمله‌ای همه‌جانبه، سرزمین سوشیما را تسخیر می‌کنند و تمامی سامورایی‌های این جزیره را در ساحال کومودا (Komoda) قتل عام می‌کنند. اما برای جین چه اتفاقی می‌افتد؟

جین و عمویش یعنی شیمورا طی یک مصاف نابرابر دربرابر نیروهای پرتعداد مغول،‌ شکست می‌خورند؛ جین به‌شدت مجروح شده و شیمورا، توسط نیروهای مغول به اسارت گرفته می‌شود. جین اما به اندازه‌ی سایر هم‌رزمانش، بد شانس نیست و توسط یک سارق خرده‌پا و بی‌نهایت بامرام که اسمش یونا (Yuna) باشد، نجات پیدا می‌کند و با این شانس مجدد، دوباره به دنیای آدم‌ها پرتاب می‌شود. جین پس از به‌هوش آمدن، با همان حال و اوضاع وخیم به سمت اردوگاه مغول‌ها یورش می‌برد با این امید که تکیه زدن به آموزه‌های سامورایی و تیزی کاتانا، برای آزادی لرد شیمورا و مردم سوشیما کافی هستند؛ رویایی که در همان نطفه‌اش خفه می‌شود. جین حتی پیش از اینکه بتواند وارد اردوگاه مغول‌ها شود، توسط فرمانده‌ی این لشگر یعنی «کوتن خان» شکست می‌خورد و به اعماق دریا پرتاب می‌شود.